W latach 1990-1998 był wójtem gminy Zielonki i przewodniczącym Sejmiku Samorządowego Województwa Krakowskiego. Poseł na Sejm Rzeczpospolitej Polskiej w latach 1997-1998 (AWS), od 1998 r. radny województwa małopolskiego. W latach 1998-2002 oraz 2006 - 2010 marszałek województwa małopolskiego, wiceprezes Zarządu Związku Województw RP, członek Komitetu Regionów. W pierwszej kadencji samorządu województwa współprzewodniczący Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego. Założyciel i prezes Stowarzyszenia Wspólnota Małopolska. 
 

Marek Nawara był jednym z twórców obecnego kształtu ustroju samorządu w Polsce oraz jednym z najaktywniejszych polskich samorządowców. Gdy pełnił funkcje wójta, gmina Zielonki była wielokrotnie przywoływana i nagradzana, jako wzór samorządowego sukcesu; w 1998 r. otrzymała między innymi tytuł Gmina jakich mało, a wszyscy jej mieszkańcy jako pierwsi w Polsce objęci zostali opieką lekarza rodzinnego. 
 

W kadencji 1998-2002 Marszałek Małopolski Marek Nawara koordynował prace nad przygotowaniem pierwszej strategii rozwoju województwa. Zastosowano wtedy unikatowe rozwiązanie polegające na szerokiej partycypacji społeczności regionu w tworzeniu strategii poprzez stworzenie tzw. Małopolskiej Listy Szans. Był to ewenement w skali krajowej. Marek Nawara był też inicjatorem powstania pierwszego w Polsce internetowego portalu regionalnego Wrota Małopolski. Z jego inicjatywy Województwo Małopolskie wprowadziło system dotacji na rzecz ratowania zabytków, wspierania bezpieczeństwa poprzez przekazywanie samochodów strażackich jednostkom OSP w regionie oraz zasłynęło z kompleksowego podejścia do problemów transportu publicznego. Województwo Małopolskie było i jest liderem samorządowych rankingów. W 2007 roku Małopolska znalazła się w grupie pierwszych polskich województw, które podpisały Regionalny Program Operacyjny, a w 2008 pozytywnie odpowiedziały na rządowy projekt Orlik 2012. 

Odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi Krzyżem Kawalerskim, Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, Medalem Komisji Edukacji Narodowej, Złotym Medalem za Ratowanie Życia i Ochronę Mienia oraz Srebrnym Medalem 600-lecia Odnowienia Akademii Krakowskiej. Człowiek Roku 2000 w plebiscycie Gazety Krakowskiej. Za szczególne zasługi dla samorządności w Polsce wyróżniony Nagrodą im. Grzegorza Palki (nazywanej samorządowym Oskarem). W 2010 r. podczas Kongresu 20-lecia Polskiego Samorządu otrzymał Różę im. Franciszki Cegielskiej – nagrodę za szczególne zasługi dla samorządności w Polsce.

Jego pasją były górskie wędrówki, sport i fotografia. 

 

1 czerwca 2011 roku Małopolanie pożegnali Marka Nawarę, W uroczystościach żałobnych na Cmentarzu Rakowickim, prowadzonych przez ks. kardynała Franciszka Macharskiego, uczestniczyli przedstawiciele władz państwowych, samorządowcy i bliscy marszałka Nawary.

 

Zdjęcie http://www.malopolska.pl/Wydarzenia/Strony/Aktualnosc.aspx?pid=1290